يعد هذا الفرع المؤسسة التعليمية الجامعية الأولى من نوعها في رفح، وقد أنشئ ليخدم أبناء المحافظة الجنوبية (رفح) البالغ عدد سكانها نحو (231,000) نسمة، وافتتح الفرع رسمياً بداية الفصل الدراسي (2002/2001م). وفي الفصل الدراسي الأول (2016/2015م) بلغ عدد الطلبة المسجلين فيه نحو (2050) طالباً وطالبة.
ووفقاً لاستراتيجية الجامعة بتوفير مبان خاصة مملوكة فقد أنشئ مبنى جديد على قطعة أرض مساحتها عشرة دونمات، وبدأت ممارسة الحياة الأكاديمية والإدارية فيه بداية العام الدراسي (2014/2013م).