يقع مقر فرع طوباس في المدخل الجنوبي لمدينة طوباس. وقد تأسس كمركز وانطلق الدوام به في 2000/9/23، وتبع فرع نابلس إلى أن تحول إلى فرع منفصل عنه بتاريخ 2007/9/1. ويعد فرع طوباس من المؤسسات الأكاديمية والوطنية المهمة، إذ يعد الصرح الأكاديمي الوحيد في المحافظة الذي يقدم خدمات التعليم الجامعي. وينظر إليه أهالي المنطقة بفخر واعتزاز، آملين تطوره في السنوات المقبلة.