أسس فرع خان يونس عام 1999م، وشرع يقدم خدماته التعليمية لأبناء محافظة خان يونس البالغ عددهم نحو (330،000) نسمة. وفي الفصل الدراسي الأول (2016/2015م) بلغ عدد الطلبة المسجلين فيه نحو (1362) طالباً وطالبة.
ووفقاً لاستراتيجية الجامعة بتوفير مبان خاصة مملوكة فقد أنشئ مبنى جديد على قطعة أرض مساحتها (15) دونماً، وبدأت ممارسة الحياة الأكاديمية والإدارية فيه بداية العام الدراسي (2014/2013م).